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From Big Data Analytics Lab

Project GO Guide GENOS Download Publication




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  • GENOS 사용을 위한 사전 설치요소
    • MySQL 4.0 이상
    • Jakarta Tomcat
    • Sesame 1.1.2 이상
      • 개발 환경이 1.1.2 버전이었기 때문에 가급적 1.1.2 버전의 사용을 권합니다.
    • Sesame 수정 클래스들
      • GENOS 추론기 - Sesame 설치 디렉토리의 org/openrdf/sesame/sailimpl/rdbms에 GENOSInference.class와 GENOSInferenceServiceService.class를 설치합니다.
      • SeRQL 질의 성능 개선 - 나머지 3개의 클래스를 다음의 경로에 맞게 각각 설치합니다.
      • org.openrdf.sesame.query.serql.model.SfwQuery
      • org.openrdf.sesame.sailimpl.rdbms.RdbmsPathExpression
      • org.openrdf.sesame.sailimpl.rdbms.RdfSource


  • Gene Ontology 데이터 다운로드 및 로딩
    • 최근 Gene Ontology 데이터 다운로드
      • go_년도날짜-assocdb.rdf-xml.gz를 다운로드합니다.
    • GO 형식 변환기
      • XML 형식의 Gene Ontology 데이터를 OWL 형식으로 변환합니다.
      • Java 파일이므로 "java go_xml2owl [GO_XML_파일명]"으로 실행합니다.
    • GO 데이터 로딩
      • 위에서 변환한 OWL 형식의 GO 데이터를 MySQL에 넣습니다.
      • 역시 Java 파일이므로 "java go_loading [GO_OWL_파일명] [MySQL DB명] [DB 사용자명] [DB 패스워드] [Base URI]"로 실행합니다.
      • e.g.,> java -Xmx1024M go_loading go.owl goguide root 123456 http://idb.snu.ac.kr/go#