Overview

생명체의 대부분의 화학 반응은 효소(enzyme)에 의한 화합물 (substrate)에서 화합물(product)로의 변환이다. 이런 반응관계를 일반적으로 pathway라 부르며 이 pathway를 이용하여 유전자가 어떤 경로상에서 다른 어떤 유전자와 관계하고 있는지 혹은 그 유전자의 역할이 무엇인지를 지도나 표로부터 찾을 수 있게 된다. Pathway 데이터베이스는 세포의 다양한 처리 과정에 연관되는 분자의 경로와 화합물에 대한 다이어그램 정보를 포함한다. R-Pathway는 최초 화합물에서부터 최종 화합물까지의 경로분석, 하나의 종에 대한 Pathway들 모아 여러종의 Pathway Map을 겹쳐 봄으로써 종간의 유사성 검사를 할수있도록 지원합니다. 그 구성은 아래와 같습니다.

• KEGG RDF Mapping :KEGG XML data, 즉 KGML data를 XSLT를 이용하여 RDF형식의 데이타로 변환합니다. W3C에서 제공하는 XSLT를 기본으로하여 KGML DTD를 지키는 모든 KEGG data를 변환할수 있도록 수정하였습니다.
• Pathway Function : 먼저 종을 선택하면 다음 세가지를 제공합니다
  • Gene Search : Gene을 입력하면 해당 종이 나타나는 Pathway Map 목록을 보여줍니다.
  • GO Search : GO ID를 입력하면 해당 종이 나타나는 Pathway Map 목록을 보여줍니다.
  • Pathway from initial compound to final compound : 최초 기질과 최종 산물을 입력하면 해당 종의 유전자들을 이용해서 변환이 가능한지, 가능하다면 그 변환경로를 보여줍니다.
• Pathway Visualization
  • Metabolism Viewer : Pathway Map을 선택하고 비교하고자 하는 종들을 선택하면 종들이 가진 효소를 Map상에 표시해줍니다. 특정 효소를 여러종이 가지고 있다면 그 백분율에 따라 색깔을 달리 표시합니다.